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O Trypanosoma cruzi pertence à ordem Kinetoplatida, que compreende as famílias Bodonidae Hollande, 1952 e Trypanosomatidae Kent, 1880. O gênero Trypanosoma é um dos mais importantes dentro da família Trypanosomatidae por incluir uma série de espécies causadoras de doenças humanas importantes, como o Trypanosoma cruzi, agente da doença de Chagas.

Observações por microscopia ótica nos permitem identificar no parasito: (i) a forma geral da célula, (ii) o núcleo, (iii) o cinetoplasto e (iv) o flagelo. De acordo com: (i) a forma geral da forma evolutiva; (ii) a posição relativa entre o flagelo e o núcleo; (iii) localização da bolsa flagelar (local de saída do flagelo); e (iv) localização do flagelo livre, podemos diferenciar as diferentes formas evolutivas dos tripanossomatídeos: amastigota, tripomastigota e epimastigota. Métodos de cultivo celular permitiram obtenção de grande número destas formas que possibilitaram estudos morfológicos, estruturais, bioquímicos e genéticos. Estudos por microscopia de varredura e eletrônica revelaram a complexidade estrutural deste parasito. Estudos bioquímicos e genéticos evidenciaram a diversidade molecular do T. cruzi e abriram o questionamento sobre a possível relação da diversidade do parasito com a diversidade das formas clínicas da doença de Chagas.